Ученый совет – это орган, по сути, определяющий эффективную работу Института. Он создан для рассмотрения вопросов совершенствования организации научно-исследовательской деятельности, повышения эффективности научных исследований, внедрения полученных результатов в практику здравоохранения . Также он решает задачи подготовки, аттестации и расстановки научных кадров.
На заседаниях совета руководители научных подразделений и научные сотрудники рассматривают и обсуждают конкретные пункты по реализации этих задач. Это планы научно-исследовательских работ, национальных проектов и программ в сфере здравоохранения. Это планы, программы, договора и методология исследований. Именно Ученый совет определяет научные задачи Института, исходя из перспективных планов социально-экономического развития страны.
Решением членов Ученого совета наиболее значимые научно-исследовательские работы и их исполнители номинируются на получение премий и другие виды признания, а результаты работ рекомендуются к публикации. На заседаниях также ведется обсуждение предлагаемых к изданию руководств, монографий, учебников и прочих разработок Института, предназначенных для публикации в России и других странах. Важные направления работы - проведение конкурсов на замещение научных должностей, аттестация научных кадров, утверждение тем, исполнителей и научных руководителей (консультантов) диссертационных работ.
Заседания проводятся не реже одного раза в квартал.