Отдел ведет поиск оптимальных вариантов организации системы оплаты труда в здравоохранении, обосновывает механизм расширения доступности граждан РФ к получению инновационных медицинских технологий. Сотрудники анализируют результаты структурных преобразований системы здравоохранения в субъектах РФЭ научно обосновывают механизм распределения объемов медицинской помощи между медицинскими организациями, осуществляющими деятельность в сфере ОМС.
Отдел занимается исследованием нормативно-правовых оснований для определения норм, выраженных в натуральных показателях, для расчета нормативов финансовых затрат на государственные услуги в сфере здравоохранения. В его задачи входит оптимизация деятельности государственных (муниципальных) учреждений с привлечением различных источников финансового обеспечения (бюджет, ОМС, платные услуги), а также создание механизмов повышения эффективности деятельности медицинских работников - улучшением мотивации в труде и совершенствованием профессиональных компетенций.