Одна из важных задач Института – решение вопросов, связанных с экономикой, ресурсным обеспечением системы здравоохранения и оплатой труда работников отрасли. Важным и востребованным направлением подразделения является методологическое обеспечение экономических аспектов функционирования системы здравоохранения на всех уровнях, формирование подходов к расчету нормативов затрат на государственные услуги (работы) в сфере здравоохранения.
В плановом режиме на высоком профессиональном уровне проводится аудит деятельности федеральных медицинских организаций, подведомственных Минздраву России.
Сотрудники профильного подразделения разрабатывают методологические подходы к определению оптимальных нормативов численности персонала, осуществляют оценку потребности во врачебном и среднем медицинском персонале.
Подразделение непосредственно принимает участие в выполнении наиболее острых и актуальных задач здравоохранения - нормирование труда медицинских работников и формирование принципов новой системы оплаты труда.