Основная задача отдела – создание научно обоснованных нормативных условий развития цифрового здравоохранения является. Исходя из этого, отдел ведет разработку научно-методических материалов по информатизации здравоохранения, ОМС, дополнительному лекарственному обеспечению, сбору и обработке медицинской статистики, ведению регистров больных социально-значимыми заболеваниями, регистра детей, находящихся в социально-опасном положении. Он разрабатывает научно-методические материалы по информатизации ресурсной базы здравоохранения, а также методики и алгоритмы, используемые в медицинских информационных системах. Также отдел занимается разработкой научно-методических материалов по информатизации лечебно-профилактических учреждений, по информатизации страховых медицинских организаций и по защите информации.